2008年，农业部都市农业（南方）重点开放实验室成立。2010年，农业部对重点实验室重新布局、遴选，上海交大继续承担实验室建设任务，并更名为农业部都市农业（南方）重点实验室。2017年，农业部调整强化“十二五”已建设命名的学科群和“十三五”新增的学科群，上海交通大学获批为全国十家重点实验室的牵头单位，承担都市农业学科群综合性重点实验室（更名为农业部都市农业重点实验室）的建设任务。

科技部中美食品安全联合研究中心于2008年5月12日在上海交通大学揭牌成立。这一联合研究中心的成立，是基于中国科技部和美国农业部签署的中美农业科学技术合作框架中关于食品安全合作研究的重要内容，由我校和美国农业部东部研究中心及普渡大学合作建立，其目的是围绕中美两国食品生产和贸易中面临的共同食品安全问题，开展食品安全相关的合作科研和人才培养，并将研究成果运用于食品生产加工技术的改进之中，以保障食品的安全与营养。

上海食品安全工程技术研究中心，是由国家科技部和上海市政府共同推动，在上海建立全国首家食品安全工程技术研究中心，并经上海市科委批准于2006年11月正式成立。中心依托上海交通大学，以应用为导向，致力于为我国食品安全主动保障体系建设，提供关键技术支撑、工程化应用和社会化服务。

实验室始建于1990年，1992年通过验收，是上海市建立的首批重点实验室之一。实验室的定位是立足上海、放眼全国，面向动物产业，围绕遗传与繁育、营养与饲料、卫生与防疫等领域的生物技术，加强基础与应用基础研究，突出特色，注重成果转化及人才培养。建设目标是把实验室建成动物疾病防控、遗传繁育以及饲料生产的高新技术研究基地和成果转化基地。

国家林草局上海城市森林生态系统国家定位观测研究站（简称：上海城市森林生态站）是国家林草局森林生态定位观测网络中心（CFERN）所属观测站点之一，2013年获得国家林草局批准建站。上海城市森林生态站综合实验办公楼位于浦东，在市中心、外环林带、崇明分别建立观测站点，进行森林水文、土壤、大气和生物观测，定期向CFERN提交观测数据；开展城市森林研究、技术推广和咨询、科普宣传。该站将成为我国一流的城市森林观测、研究和交流中心。